کالج هاروارد در سال‌های اولیه بیشتر روحانیون اجتماع‌گرا و خداپرست را تربیت کرد؛ اگرچه هرگز به‌طور رسمی به فرقه‌ای وابسته نبوده‌است. برنامه درسی و مجموعهٔ دانشجویی آن در طول قرن هجدهم به تدریج سکولار گشته و در قرن نوزدهم، هاروارد به عنوان مرکز فرهنگی اصلی در میان نخبگان بوستون ظاهر شد. پس از جنگ داخلی آمریکا، دورهٔ طولانی ریاست چارلز ویلیام الیوت (۱۸۶۹–۱۹۰۹) دانشکده و مدارس حرفه‌ای وابسته را به یک دانشگاه تحقیقاتی مدرن تبدیل کرد. هاروارد در سال ۱۹۰۰ عضو مؤسس انجمن دانشگاه‌های آمریکایی گردید.

در سال ۱۶۳۸ آن ناحیه و دانشگاه تازه تأسیس را به نام کمبریج نام‌گذاری کردند. در همان سال جان هاروارد یکی از وزیران پیوریتن و وزیر امور داخلی آمریکا که استاد یکی از شعبه‌های دانشگاه کمبریج بود در هنگام مرگ، نیمی از سرمایه و املاک خود را که ۷۸۰ پوند بود با چهارصد جلد کتاب به کالج بخشید و کالج مزبور در سال ۱۶۳۹ به‌افتخار این مرد، هاروارد نامیده شد. تاریخچهٔ هاروارد در حقیقت از سال ۱۶۴۰ آغاز می‌شود. نخستین جشن دانش‌آموختگان دانشگاه هاروارد در سال ۱۶۴۲ برگزار شد.

دانشگاه هاروارد در بین تمام دانشگاه‌های جهان شامل بیشترین تعداد دانش‌آموختگانی است که برندهٔ جایزه نوبل (۱۶۱ نفر)، و مدال فیلدز (۱۸ نفر) شده‌اند. همچنین در بین دانشگاه‌های آمریکا شامل بیشترین دانش آموختگانی است که عضو کنگره ایالات متحده آمریکا، عضو همکاران مک‌آرتور، محققان رودز (۳۷۵ نفر) و محققان مارشال (۲۵۵ نفر) بوده‌اند.